BIOS_UMCGFileStructure: bios_structure_ascii.txt

File bios_structure_ascii.txt, 10.4 KB (added by Rick, 12 months ago)
Line 
1/groups/umcg-bios/
2|-- prm02
3|   |-- projects
4|   |   |-- annotations
5|   |   |-- eQTLmapping
6|   |   |   |-- BIOS
7|   |   |   |   |-- exon_level
8|   |   |   |   `-- gene_level
9|   |   |   |-- Geuvadis
10|   |   |   |   |-- gene_level
11|   |   |   |   |   |-- eQTLs_meta_20PCs
12|   |   |   |   |   |   `-- old_wrong_gte
13|   |   |   |   |   |       |-- plots
14|   |   |   |   |   |       `-- plots_opposite_effects_replication_bbmri
15|   |   |   |   |   |           `-- plots [error opening dir]
16|   |   |   |   |   |-- eQTLs_meta_20PCs_replication_bbmri_genelevel
17|   |   |   |   |   |   `-- old_wrong_gte
18|   |   |   |   |   |-- eQTLs_meta_20PCs_secondary_effects
19|   |   |   |   |   |   |-- distance_to_TSS
20|   |   |   |   |   |   |-- expressionWithPrimaryEffectsRegressedOut
21|   |   |   |   |   |   |-- geuvadis_eQTLs_meta_20PCs_1-0_RegressedOut_15012015
22|   |   |   |   |   |   |-- geuvadis_eQTLs_meta_20PCs_1-1_RegressedOut_15012015
23|   |   |   |   |   |   |-- geuvadis_eQTLs_meta_20PCs_1-2_RegressedOut_15012015
24|   |   |   |   |   |   |-- geuvadis_eQTLs_meta_20PCs_1-3_RegressedOut_15012015
25|   |   |   |   |   |   `-- geuvadis_eQTLs_meta_20PCs_1-4_RegressedOut_15012015
26|   |   |   |   |   `-- replicationOfBiosAllLevels
27|   |   |   |   `-- meta-exon_level
28|   |   |   |       |-- eQTLs_meta_20PCs
29|   |   |   |       |   `-- old_gte
30|   |   |   |       `-- eQTLs_meta_20PCs_bbmri_replication
31|   |   |   |           `-- old_gtes
32|   |   |   |-- geuvadis_gene_replication_in_bbmri_oldGte
33|   |   |   `-- GoShifter_annotation
34|   |   |       |-- compute-pipeline
35|   |   |       |   |-- protocols
36|   |   |       |   `-- templates
37|   |   |       `-- LL+RS+CODAM+LLS_eqtls_genes_23062014
38|   |   |           |-- differenceGeuvadis
39|   |   |           |   |-- BIOS-Geuvadis
40|   |   |           |   |   |-- notReplicated
41|   |   |           |   |   |   |-- goshifter_output [error opening dir]
42|   |   |           |   |   |   `-- scripts
43|   |   |           |   |   |-- replicatedOpposite
44|   |   |           |   |   |   |-- goshifter_output [error opening dir]
45|   |   |           |   |   |   `-- scripts
46|   |   |           |   |   `-- replicatedSame
47|   |   |           |   |       |-- goshifter_output [error opening dir]
48|   |   |           |   |       `-- scripts
49|   |   |           |   |-- notReplicated
50|   |   |           |   |   |-- goshifter_output [error opening dir]
51|   |   |           |   |   `-- scripts
52|   |   |           |   |-- replicatedOpposite
53|   |   |           |   |   |-- goshifter_output [error opening dir]
54|   |   |           |   |   `-- scripts
55|   |   |           |   `-- replicatedSame
56|   |   |           |       |-- goshifter_output [error opening dir]
57|   |   |           |       `-- scripts
58|   |   |           |-- goshifter_output [error opening dir]
59|   |   |           `-- LD
60|   |   |-- expression
61|   |   |   |-- BBMRI+Geuvadis_joint_normalization
62|   |   |   |-- gene_level_additional
63|   |   |   |-- Geuvadis
64|   |   |   |   |-- EUR+YRI
65|   |   |   |   |   `-- EUR+YRI_eQTLs_meta_25PCs
66|   |   |   |   |-- gene_level
67|   |   |   |   |-- interactionAnalysis
68|   |   |   |   |-- meta-exon_level
69|   |   |   |   `-- TriTyper
70|   |   |   |       |-- CEU
71|   |   |   |       |   `-- CEU.TMM.ProbesWithZeroVarianceRemoved.Log2Transformed.ProbesCentered.SamplesZTransformed
72|   |   |   |       |-- FIN
73|   |   |   |       |   `-- FIN.TMM.ProbesWithZeroVarianceRemoved.Log2Transformed.ProbesCentered.SamplesZTransformed
74|   |   |   |       |-- GBR
75|   |   |   |       |   `-- GBR.TMM.ProbesWithZeroVarianceRemoved.Log2Transformed.ProbesCentered.SamplesZTransformed
76|   |   |   |       `-- TSI
77|   |   |   |           `-- TSI.TMM.ProbesWithZeroVarianceRemoved.Log2Transformed.ProbesCentered.SamplesZTransformed
78|   |   |   |-- meta-exon_level_additional
79|   |   |   |-- per_cohort
80|   |   |   |   `-- LL
81|   |   |   `-- transcript_level_additional
82|   |   |-- genotypes
83|   |   |   |-- CODAM-imputed-20140306-TriTyper
84|   |   |   |-- LL-imputed-20140306-TriTyper
85|   |   |   |-- LLS-imputed-20140402-TriTyper
86|   |   |   |-- NTR_AC-imputed-20140606-TriTyper
87|   |   |   |-- NTR_Aff6-imputed-20140606-TriTyper
88|   |   |   |-- PAN-imputed-20140306-TriTyper
89|   |   |   |-- RNAseq_genotypes
90|   |   |   |   |-- CODAM_SNVMix_TriTyper
91|   |   |   |   |-- LL_SNVMix_TriTyper
92|   |   |   |   `-- RS_SNVMix_TriTyper
93|   |   |   `-- RS-imputed-20140306-TriTyper
94|   |   |-- imputed
95|   |   |   |-- CODAM
96|   |   |   |   |-- genotypes
97|   |   |   |   |   |-- b36
98|   |   |   |   |   |-- b37
99|   |   |   |   |   |   |-- old
100|   |   |   |   |   |   `-- qc
101|   |   |   |   |   `-- rawdata
102|   |   |   |   `-- jobs
103|   |   |   |-- NTR
104|   |   |   |   |-- genotypes
105|   |   |   |   |   |-- NTR_B37_AC_Epigen_CAUT
106|   |   |   |   |   |   |-- b37
107|   |   |   |   |   |   |   `-- backup
108|   |   |   |   |   |   `-- rawdata
109|   |   |   |   |   |-- NTR_B37_AC_Epigen_CX
110|   |   |   |   |   |   `-- rawdata
111|   |   |   |   |   `-- NTR_B37_Aff6_Epigen
112|   |   |   |   |       |-- b37
113|   |   |   |   |       |   `-- backup
114|   |   |   |   |       `-- rawdata
115|   |   |   |   `-- jobs
116|   |   |   |-- PAN
117|   |   |   |   |-- genotypes
118|   |   |   |   |   |-- b37
119|   |   |   |   |   |   |-- original
120|   |   |   |   |   |   `-- qc
121|   |   |   |   |   `-- rawdata
122|   |   |   |   `-- jobs
123|   |   |   `-- RS
124|   |   |       |-- genotypes
125|   |   |       |   |-- b36
126|   |   |       |   |-- b37
127|   |   |       |   `-- rawdata
128|   |   |       `-- jobs
129|   |   |-- interactionAnalysis
130|   |   |   |-- BIOS
131|   |   |   |   |-- biosInteractions8
132|   |   |   |   |-- eQTLs_all_levels
133|   |   |   |   `-- GWAS_eQTLs
134|   |   |   |       |-- Body_mass_index
135|   |   |   |       |-- Bone_mineral_density
136|   |   |   |       |-- Celiac_disease
137|   |   |   |       |-- Crohns_disease
138|   |   |   |       |-- HDL_cholesterol
139|   |   |   |       |-- Height
140|   |   |   |       |-- Inflammatory_bowel_disease
141|   |   |   |       |-- LDL_cholesterol
142|   |   |   |       |-- Mean_platelet_volume
143|   |   |   |       |-- Metabolic_traits
144|   |   |   |       |-- Metabolite_levels
145|   |   |   |       |-- Multiple_sclerosis
146|   |   |   |       |-- Platelet_counts
147|   |   |   |       |-- Prostate_cancer
148|   |   |   |       |-- Psoriasis
149|   |   |   |       |-- Red_blood_cell_traits
150|   |   |   |       |-- Rheumatoid_arthritis
151|   |   |   |       |-- Schizophrenia
152|   |   |   |       |-- Total_cholesterol
153|   |   |   |       |-- Triglycerides
154|   |   |   |       |-- Type_1_diabetes
155|   |   |   |       `-- Ulcerative_colitis
156|   |   |   `-- Geuvadis
157|   |   `-- oldImputations
158|   |       |-- CODAM
159|   |       |   `-- imputedGenotypeData
160|   |       |-- LLS
161|   |       |   `-- chunks
162|   |       `-- Rotterdam
163|   |           |-- Aligend
164|   |           |-- imputation
165|   |           |-- imputationTriTyper
166|   |           |-- imputed
167|   |           |-- mergedRs
168|   |           |-- mergedRs1Rs2
169|   |           |-- mergedRs1Rs2AligedToRs3
170|   |           |-- phasing
171|   |           |   `-- generatedScripts
172|   |           |-- rs1
173|   |           |-- rs2
174|   |           `-- rs3
175|   `-- rawdata
176|       `-- rnaseq
177|-- scr01 -> /local/groups/umcg-bios/scr01
178|-- scr02 -> /local2/groups/umcg-bios/scr02
179`-- tmp04
180    |-- projects
181    |   |-- bbmriSampleInfo
182    |   |   `-- v2.1.1
183    |   |-- biosDatabase
184    |   |-- BIOS_RNA
185    |   |   |-- batch0
186    |   |   |   |-- jobs
187    |   |   |   |   |-- genotypeCalling
188    |   |   |   |   |-- QC
189    |   |   |   |   `-- quantification
190    |   |   |   `-- results
191    |   |   |       |-- addOrReplaceReadGroups
192    |   |   |       |-- baseQualityScoreRecalibration
193    |   |   |       |-- collectMultipleMetrics_genotypeCalling
194    |   |   |       |-- collectMultipleMetrics_QC
195    |   |   |       |-- collectRnaSeqMetrics_genotypeCalling
196    |   |   |       |-- collectRnaSeqMetrics_QC
197    |   |   |       |-- covariateAnalysis
198    |   |   |       |-- fastqc
199    |   |   |       |-- filteredBam
200    |   |   |       |-- flagStat
201    |   |   |       |-- genotypeHarmonizer
202    |   |   |       |-- haplotypeCaller
203    |   |   |       |-- hisat
204    |   |   |       |-- indelRealignment
205    |   |   |       |-- kallisto
206    |   |   |       |-- markDuplicates
207    |   |   |       |-- mergeBams
208    |   |   |       |-- sortedBam
209    |   |   |       |-- splitAndTrim
210    |   |   |       |-- unfilteredBam
211    |   |   |       |-- unifiedGenotype
212    |   |   |       |-- variantEval
213    |   |   |       `-- verifyBamID
214    |   |   `-- batch1
215    |   |       |-- jobs
216    |   |       |   |-- QC
217    |   |       |   `-- quantification
218    |   |       `-- results
219    |   |           |-- collectMultipleMetrics_QC
220    |   |           |-- collectRnaSeqMetrics_QC
221    |   |           |-- fastqc
222    |   |           |-- filteredBam
223    |   |           |-- genotypeHarmonizer
224    |   |           |-- hisat
225    |   |           |-- kallisto
226    |   |           |-- sortedBam
227    |   |           |-- unfilteredBam
228    |   |           |-- unifiedGenotype
229    |   |           |-- variantEval
230    |   |           `-- verifyBamID
231    |   `-- genotypes
232    |       |-- CODAM-imputed-20140306-TriTyper
233    |       |-- LL-imputed-20140306-TriTyper
234    |       |-- LLS-imputed-20140402-TriTyper
235    |       |-- NTR_AC-imputed-20140606-TriTyper
236    |       |-- NTR_Aff6-imputed-20140606-TriTyper
237    |       |-- PAN-imputed-20140306-TriTyper
238    |       |-- RNAseq_genotypes
239    |       |   |-- CODAM_SNVMix_TriTyper
240    |       |   |-- LL_SNVMix_TriTyper
241    |       |   `-- RS_SNVMix_TriTyper
242    |       `-- RS-imputed-20140306-TriTyper
243    |-- rawdata
244    |   `-- rnaseq
245    `-- users
246        |-- umcg-aclaringbould
247        |   |-- abun1
248        |   |-- abun2
249        |   |-- abun3
250        |   |-- bbmri_duplicates
251        |   |-- eQTLpipeline
252        |   |   |-- backup
253        |   |   |-- cis
254        |   |   |-- first_norm
255        |   |   `-- mixupmapping
256        |   |       |-- Cis-eQTLs
257        |   |       |-- CODAM
258        |   |       |   |-- Cis-eQTLs
259        |   |       |   `-- MixupMapper
260        |   |       |-- LL
261        |   |       |   |-- Cis-eQTLs
262        |   |       |   `-- MixupMapper
263        |   |       |-- LLS
264        |   |       |   |-- Cis-eQTLs
265        |   |       |   `-- MixupMapper
266        |   |       |-- NTR_AC
267        |   |       |   |-- Cis-eQTLs
268        |   |       |   `-- MixupMapper
269        |   |       |-- NTR_Aff6
270        |   |       |-- PAN
271        |   |       |   |-- Cis-eQTLs
272        |   |       |   `-- MixupMapper
273        |   |       `-- RS
274        |   |           |-- Cis-eQTLs
275        |   |           `-- MixupMapper
276        |   `-- scripts
277        `-- umcg-ndeklein
278            `-- samplesheets
279
280277 directories